Fue creado en 1975, como sede de Programa de Investigación y Extensión Algodonera (PIEA), en ese entonces dependencia del Ministerio de Agricultura y Ganadería.
Desde 1990 pasa a denominarse Campo Experimental San Juan Bautista, dependiente de la Dirección de Investigación Agrícola (DIA) – MAG.
Desde el 1° de enero de 2011, pasa a ser dependencia del Instituto Paraguayo de Tecnología Agraria – IPTA.